负压称量罩（室）的工作原理是通过在室内建立一个低于外界大气压的压力环境，使得室内的空气不会自然流向外部，行成一种负压环境，这种设计有效地防止了室内污染物外泄，并降低不同药品之间交叉污染的风险。进而保证了室内的洁净度和安全性。
负压称量罩室采用的是垂直单向流的气流形式，气流方向是垂直向下的。部分洁净空气在工作区循环，部分排出至附近区域，使工作区产生负压环境。
负压称量罩进风先要经历初效过滤器和中效过滤器的预先过滤，滤去气流中显而易见的大颗粒粉尘粒子，初步净化空气以起到保护风机和高效过滤器的作用。经过这一系列预处理后的空气再通过高效过滤器，经过三级过滤后的过滤效果得到了极大的增强。
这种设备的气流是自循环的，负压称量罩室的运行和停止都不会对房间压差产生影响。气流确认检测系统确保了设备内的气流不会流向设备外部，进一步增强了负压称量罩室的工作效果。