1、烟气热量积聚，蔓延途径多
洁净室一般呈密闭状态，门窗少，发生火灾时，烟气热量不易向外散出，造成烟气滞留，热量剧增，加之厂房内通风管道、电气线路套管、技术夹层等彼此串通，很容易造成烟热气流向其它房间快速蔓延。
2、人员逃生困难
洁净室由于工艺上的要求，内部分隔复杂，通道曲折窄小，安全出口少，纵深距离长，火灾发生后易迷失方向，加之工作人员少，初期火灾难于及时发现，待烟火侵袭时已难脱身。
3、烟雾毒性大
室内装修中使用了一些高分子合成材料，这些材料在发生燃烧时会产生大量浓烟，散发毒气，给人员逃生和消防人员救火带来很大的威胁。
4、损失大
洁净室内往往有不少极为精密、贵重的设备，建设投入大，一旦发生火灾，经济损失巨大。
此外，现在有些洁净室在生产过程中使用了甲醇、丙酮、甲苯等易燃易爆化学危险物品，对洁净室构成了潜在的火灾威胁。